Mitolojik anlatılara göre Gök Tanrısı Zeus, kardeşi Poseidon’un öfkesinden kaçarken bu mağaraya sığınırdı. Mağaranın içi, dağdan gelen tatlı su ile denizden sızan tuzlu suyun birleştiği özel bir yapıya sahip. Bu doğal oluşum, mağaranın suyuna hem berraklık hem de mistik bir görünüm kazandırıyor.
Özellikle yaz aylarında serinliği nedeniyle yoğun ilgi gören Zeus Mağarası, dört mevsim ziyaret edilebilen turistik bir nokta olma özelliği taşıyor. Aydın İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü, Kuşadası’na gelen ziyaretçilere Milli Park’a geçmeden önce Zeus Mağarası’nı mutlaka görmeleri çağrısında bulundu.